Comme les autres lignes de RER en Île-de-France, la C traverse Paris. Seule la ligne E n’est pas traversante. Pour le moment. Comme les autres lignes, au moment de leur conception, on a raccordé ensemble deux faisceaux de des- serte : nord-ouest et sud-est pour leA,nord et sud pour les B et D et donc sud et ouest pour le C avant d’y ajouter le nord.
Le résultat donne une ligne globale d’environ 187 km avec une douzaine de points de convergence/divergence et huit branches : Dourdan- la-Forêt, Saint-Martin-d’Étampes, Massy-Palaiseau par Juvisy ou par Orly, Saint-Quentin-en-Yvelines, Versailles-Château, Argenteuil et Montigny-Beauchamp. Mi-2006, l’ouverture de la nouvelle liaison Ermont – Saint-Lazare supprime la branche d’Argenteuil, les trains du RER C poussant jusqu’à Pontoise.
Et, dernier événement, l’ouverture de la nouvelle ligne de tram-train T 12 reliant Massy-Palaiseau à Évry-Courcouronnes entraînant la suppression des trains entre Juvisy et Massy-Palaiseau via Longjumeau.
À cette occasion, des aménagements ont été mis en œuvre. Mais sans vraiment simplifier l’exploitation: par exemple, le nombre de codes mission est passé de 27 en 2023 à 35 en 2024!