Le jour un express Lyon – Genève et un TA de soirée/matinée. De leur côté les CFF qui réceptionnent les nouvelles machines Re 4/4 I aptes à 125 km/h mettent en ligne depuis Genève un train de nuit vers Zurich, Saint-Gall, le jour sept courses express vers Zurich dont cinq via Berne, deux vers Bienne, deux vers Romanshorn, Rorschach, quatre vers Brigue, deux vers Bâle via Bienne, Délemont, ainsi que plusieurs omnibus vers Lausanne avec des automotrices.
Le 5 décembre 1949 pour soulager la gare de Cornavin du trafic marchandises, une nouvelle gare spécialisée est aménagée sur le site de La Praille entre Lancy et Carouge, reliée au moyen d’une double voie de 5 km branchée sur les voies France comportant le tunnel de Saint-Jean (220 m), le via- duc de la Jonction sur le Rhône (166 m), puis le tunnel de La Bâtie de 1078 m. S’étendant sur 43 ha, elle dispose de plateaux de réception des trains français et suisses, et de deux embranchements l’un au nord vers le port franc, l’autre au sud vers les abattoirs genevois. Son électrification sous caténaire 15 kV n’intervient que le 15 mars 1951. De frêles autorails FNC sont employés sur l’antenne des Eaux-Vives dès 1949.
À compter de 1953 les CFF prennent possession des nouvelles locomotives puissantes de type CC Ae 6/6 pour trafic marchandises qui réduisent l’emploi des Ae 4/7. Côté France un TA touristique qui sera dénommé Alpazur circule en été de Genève à Digne via Culoz, Grenoble et Veynes, avec une succession de matériels (Decauville, X 2400, Panoramiques puis X 4500).
Un TA rapide Dijon – Genève via Vallorbe, Lausanne relaye les rapides 15/16 Paris – Lyon de 1954 à 1957. À compter de l’hiver 1955 le Catalan assuré en RGP relie Genève à Port-Bou via Grenoble, Valence et sera baptisé TEE en 1957.
Au titre du projet SNCF Lyon – Genève l’électrification depuis Bellegarde est réalisée sous 1,5 kV le 27 septembre 1956, les voies 4 et 6 de la gare de Cornavin étant ainsi équipées et rendues commutables, ainsi que l’impasse 5 des trains de La Plaine et le faisceau d’arrière-gare pour le garage des rames voyageurs. La traction vapeur assurée en majorité par des 141 R au fuel d’Ambérieu disparaît au bénéfice des CC 7100 et BB 8100, puis des BB 9200. Les CFF en profitent pour assurer avec deux automotrices neuves BDe 1300 sous 1,5 kV, la desserte omnibus Genève – La Plaine qui était assurée en vapeur avec des 131 tender Eb3/5.
